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可以抵扣。
海关进口增值税专用缴款书抵扣操作流程：
一、实行海关进口增值税专用缴款书（以下简称海关缴款书）“先比对后抵扣”管理办法的增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的海关缴款书，应在开具之日起180(现已改为360)日内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》（包括纸质资料和电子数据）申请稽核比对。
二、由于海关传递海关缴款书数据时限一般在缴款成功后10-25个工作日，需先在电子口岸确认抵扣经营单位，客户先不要急上传海关缴款书。（最好在缴款书日期后25个工作日之后才上传比对）。
三、纳税人应按要求完整规范采集海关缴款书 海关缴款书号码在通关系统中共有22位，可抵扣的海关缴款书号码第20位必须是“L”。纳税人在采集海关缴款书时号码应完整规范录入，其中：数字、字母、符号以半角录入；大写英文字母“L”在内的22位号码必须填写完整；其中“—”不能以“/”代替；英文字母“L”一律为大写；通关系统开具的海关缴款书号码上行打印的括号和四位日期不属于缴款书号码，不应录入；开票日期应录入票面填发日期；如企业取得同一号码多张海关缴款书，税额应按末张海关缴款书最后一栏合计数录入。
四、纳税人可自行通过。
海关进口的增值税和关税做记账凭证如下：
1、不能抵扣增值税的，应把全部税费计入进货总成本：
（1）借：库存商品（支付购入商品总含税价，包括增值税是641.09 关税是110.08）；
（2）贷：银行存款（发票总额支付数）；
2、其他进出口免费货物按海关其在国内的价值征收关税和增值税的金额同样：
（1）借：库存商品 ；
（2）贷：银行存款；
3、其他进出口免费货物指的是不用支付外汇货款，该进口货物是别人赠送的货物或者样品。进口还是要交关税和增值税，那是因为虽然客户不要求支付货款，将其免费赠送，但是货物本身是存在价值的。而该产品的进口必然会对国内同类产品产生潜在威胁，因此海关还是会按照其在国内的价值征收关税和增值税的。
海关进口增值税和关税，进口关税计入采购货物成本，增值税计入进项税额 ，做账如下：
（1）、借：库存商品（采购价+关税等）；
（2）、借：应交税费—应交增值税（进项税额）；
（3）、贷：银行存款。
综上所述，进口关税一般计入货物的成本，增值税如果是一般纳税人，可以作为进项抵扣税额，在计算上，关税应根据货物的归属，选择适用关税税率，关税完税价格*适用税率=关税，根据海关完税单据，去税务局认证后可以抵扣增值税进项税额。
法律依据：
《中华人民共和国增值税暂行条例》第二条
增值税税率：
（一）纳税人销售货物、劳务、有形动产租赁服务或者进口货物，除本条第二项、第四项、第五项另有规定外，税率为17%。
（二）纳税人销售交通运输、邮政、基础电信、建筑、不动产租赁服务，销售不动产，转让土地使用权，销售或者进口下列货物，税率为11%：
1.粮食等农产品、食用植物油、食用盐；
2.自来水、暖气、冷气、热水、煤气、石油液化气、天然气、二甲醚、沼气、居民用煤炭制品；
3.图书、报纸、杂志、音像制品、电子出版物；
4.饲料、化肥、农药、农机、农膜；
5.国务院规定的其他货物。
（三）纳税人销售服务、无形资产，除本条第一项、第二项、第五项另有规定外，税率为6%。
（四）纳税人出口货物，税率为零；但是，国务院另有规定的除外。
（五）境内单位和个人跨境销售国务院规定范围内的服务、无形资产，税率为零。
税率的调整，由国务院决定。
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